La commune de Fontenay-le-Fleury se trouve dans la plaine de Versailles à 7,5 kilomètres du centre de la préfecture. Elle est limitrophe de Noisy-le-Roi au nord-nord-est, de Bailly au nord-est, de Saint-Cyr-l'École au sud-est, de Bois d'Arcy au sud-ouest, de Villepreux à l'ouest et de Rennemoulin au nord-ouest. Toute la partie nord du territoire communal, soit 75 % de la superficie, est agricole. L'urbanisation a eu lieu dans le sud-sud-est de la commune, le long de la forêt communale dite de Fontenay-le-Fleury. En extrême limite sud, passé cette forêt, les Hauts de Fontenay se situent sur le plateau de la commune de Bois d'Arcy. Les habitants de la centaine de maisons des Hauts de Fontenay sont d'ailleurs plus proches et tournés vers Bois d'Arcy que vers leur commune d'appartenance. La limite nord de Fontenay-le-Fleury est constituée par le ru de Gally, affluent de la Mauldre. La commune est traversée par l'aqueduc de l'Avre, ouvrage souterrain qui alimente Paris en eau. La commune est desservie par la route départementale 11 reliant Versailles à Plaisir. La route départementale 127 permet, depuis cette D11 et à partir de l'extrémité ouest de l'agglomération, d'accéder à Bois d'Arcy et, au-delà, à la route nationale 12 et à Saint-Quentin-en-Yvelines. Au plan ferroviaire, la ville possède une gare sur la ligne de chemin de fer Paris-Montparnasse-Dreux via Plaisir qui traverse le sud de la commune entre la zone d'habitation et la forêt communale, accentuant encore la séparation entre les Hauts de Fontenay et le cœur de la ville.

Référence : Wikipedia